Набеги крымских татар требовали более надежного прикрытия южной границы. Правительство стало привлекать на службу местных и пришлых людей, принимали донских и запорожских вольных казаков. Направлялись сюда стрельцы и пушкари. Гарнизону Курска были приписаны окрестные степи, где выпасался скот, заготавливалось сено.

В «выписи», выданной курским стрельцам воеводой Воротынским, говорится: «лета 7124 (1626 года) июня в первый день, по государе и великого князя Михаила Федоровича всея Руси грамоте, за прописью дьяка Данилова... на их землю, что дана им как город стал».

В этом документе дано подробное описание границ пожалованной земли, находящейся «в подгородном стану за рекою за Семью». Называли ее «сеножатью», общинное пользование которой предотвратило распашку, хотя Курская губерния в ХYI веке была наиболее распаханной.

В начале двадцатого века Василий Васильевич Алехин, будучи студентом Московского университета, «открыл» для науки Стрелецкую и Казацкую степи.

Но пока согласовывали и обсуждали, сохранившиеся степи были большей частью распаханы и в 1935 г. под заповедник уже выкраивали небольшие площади уцелевшей целины, куда вошли Хреновская степь (Воронежская область), Стрелецкая и Казацкая степи (Курская область), Ямская степь (Белгородская область) общей площадью 2670 гектаров.

В последнее десятилетие проводилась активная работа по расширению территории заповедника и в состав заповедника вошли еще два участка: в 1993 г. Лысые Горы площадью 170 га и в 1995 г. Стенки-Изгорья - 267 га (Белгородская область). В 1998 г. были организованы Зоринский участок и участок Пойма Псла (Курская область), общей площадью 976.4 га. После реорганизации в 1999 году три участка, расположенные на территории Белгородской области – Ямской, Лысые Горы и Стенки-Изгорья были переданы заповеднику «Белогорье», созданному на базе заповедника «Лес на Ворскле».

Степные участки. Стрелецкая (730 га) и Казацкая (1010 га) плакорные степи находятся на Среднерусской возвышенности в бассейне Сейма Днепровской речной системы. До наших дней сохранились они в первозданном виде и служат образцом луговых степей, сформированных в условиях хорошего обеспечения атмосферной влагой (500-600 мм осадков в год). Степной травостой напоминает ковёр, его густота достигает четырёх тысяч экземпляров на однометровой площадке.

С ранней весны до поздней осени в луговой степи, как в калейдоскопе сменяют друг друга 5-8 красочных аспектов. В середине апреля степь покрывается лиловыми пятнами сон-травы. Следом зацветают горицвет и первоцвет весенние, образуя золотисто-желтый фон. Весна заканчивается цветением ветреницы лесной и касатика безлистного. Ранее отмечаемый аспект незабудки Попова в последние годы в степи отсутствует. В конце мая - начале июня хорошо выделяется синий аспект шалфея лугового, переходящий в серебристый фон ковыля перистого. Беловато-кремовый аспект даёт обильное цветение таволги шестилепестной, нивяника обыкновенного и клевера горного. В начале июля, когда большинство растений находится в стадии плодоношения и обсеменения, иногда бывает тускло-розовый аспект эспарцета песчаного.

Во второй половине июля в побуревшей степи выделяются синие метёлки живокости клиновидной, а позже - тёмно-лиловые свечи чемерицы черной. Для сохранения степей сотрудниками заповедника была разработана особая стратегия охраны, которая учитывала традиционное природопользование. В настоящее время луговые степи заповедника сохраняются в 4 режимах: постоянного некошения, периодического и ежегодного кошения, пастбища. В 1999 году заповедник при поддержке Глобального Экологического Фонда провёл эксперимент по восстановлению луговой степи на пашне и залежах Зоринского участка (6 га). Использована травяно-семенная смесь со Стрелецкой степи.

В 2000 году на бывшей пашне отмечено произрастание более 40 видов степных растений, выросших из внесённых семян, часть из них уже цвела. Данные результатов эксперимента будут определены через 5 лет.

Куполообразные холмы, напоминающие ковригу хлеба и называемые «коврижками» или «корвежками», были отмыты от берегов балок водами тающего ледника. Мела здесь часто выходят на поверхность. Последнее оледенение не захватило территорию Курской области, но вблизи ледника существовали суровые условия, сравнимые с альпийской зоной гор Кавказа и Средней Азии.

Здесь сформировалась растительность, схожая с тундровой и альпийской. После схода талых вод на эти места стали проникать растения из областей не испытавших суровое влияние ледника: с гор Кавказа, Карпат, Средней Азии и других мест.

Растения – свидетели оледенения, дожившие до наших дней, ученые назвали реликтами, а степную растительность, сочетающую в себе реликтовые растения и элементы пришлых флор – «сниженно-альпийской».

В конце апреля-начале мая склоны меловых холмов покрывают ярко-розовые цветы реликтового растения ледникового периода волчеягодника борового (в. Юлии), который в России охраняется только в ЦЧЗ. Вместе с ним произрастают и другие реликты: шиверекия подольская, проломник Козо-Полянского, дендрантема Завадского; множество других кальцефильных (мелолюбивых) видов.

Зоринский участок является уникальным комплексом, состоящим из многих блюдцевидных сфагновых болот, где произрастают редкие растения, не встречающиеся в других местах Курской области: мякотница и шейхцерия болотные, осока плетевидная и несколько видов сфагновых мхов. Участок Пойма Псла, представляющий собой пойменный комплекс реки Псёл, является местообитанием таких редких видов растений, как пальчатокоренники мясо-красный и кровавый, кувшинка белоснежная, вольфия бескорневая – самое маленькое цветковое растение мира.

Из околоводных млекопитающих здесь обитают европейская норка, выдра, выхухоль. В пойме реки располагается одна из самых больших в Курской области колоний серой цапли. На обоих участках гнездятся такие виды птиц водно-болотных угодий, как кряква, чирок-трескунок, болотный лунь, желтоголовая трясогузка, тростниковая овсянка. Особую ценность заповедника составляют его почвы. «Царем почв» и главным национальным богатством называл чернозем В.В. Докучаев. Он писал: «Чернозём, взятый не из-под плуга или сохи, а в девственной степи, отличается зернистой структурой, он представляет из себя как бы самую лучшую губку, пронизанную мельчайшими порами и пропускающую через себя воздух и воду». Целинные черноземы заповедника служат эталоном, в сравнении с которым определяется степень деградации окружающих пахотных земель, и представляют большой научный интерес в качестве экспериментальной модели. Мощные чернозёмы заповедника на не скашиваемой целине находятся в режиме, близком к тому, в каком они были в доисторических степях. Именно под влиянием растительности луговых (северных) степей сформировались эти почвы. По запасам питательных веществ местные черноземы не имеют себе равных в Европе.

Под степями заповедника толщина гумусового слоя достигает 1.5 м. Большое содержание перегноя придает ему темную окраску. Содержание гумуса в верхних 10 см почвы составляет 9-12 %, а запас его в метровом слое равен 540 т/га. Особенность Центрально-Черноземного заповедника – черноземы под широколиственными лесами.

Необычайна богата и разнообразна флора Центрально-Черноземного заповедника, охраняемая на его территории. В заповеднике известно 1276 видов высших растений, а это более 70 % флоры Курской области. 9 видов занесены в Красную книгу России: волчеягодник боровой (в. Юлии), проломник Козо-Полянского, ковыль опушеннолистный, ковыль перистый, ковыль красивейший, венерин башмачок настоящий, пион тонколистный, рябчик русский, кизильник алаунский. Зарегистрировано 145 видов мхов, более 200 видов водорослей, 80 видов лишайников и около и 800 видов грибов, два из которых (грифола зонтичная и рогатик пестиковый) занесены в Красную книгу России.